Bioinformatics with Park-Kleis

 Tumor 연구에서 Genetics의 중요성이 점점 중요해지고 있다. 특정 tumor에서 보이는 바이오마커들이 점점 더 많이 발굴되고 있는데, Brain tumor 중에서도 악성도가 높은 Glioblastoma의 바이오마커들에 대해서 차근차근 살펴보도록 한다.   제일 먼저 살펴볼 바이오마커는 TERT Promoter이다.   아래 그림은 위키피디아에서 가져온 염색체 그림으로 끝 부분을 상세히 살펴보자. Telomere(텔로미어) : 염색체 끝부분에 있는 염색 소립으로 세포의 수명을 결정짓는다. 세포가 분열되면서 telomere는 소실되고, telomerase라는 역전사효소에 의해 보충 된다. 세포가 한 번 분열할 때마다 염색체 말단의 50-200 개의 telomere DNA nucleotide를 소실한다. 따라서 telomere 길이가 짧을수록 세포가 늙었다 는 의미. 세포가 여러 번 세포분열을 하면서 대부분의 telomere DNA가 소실되면 세포는 세포분열을 멈추게 된다. 암세포는 공격적인 세포분열을 하기 위해 telomere DNA 길이의 유지가 필요하다. Telomere를 계속해서 연장하기 위한 효소인 Telomerase는 종양의 90%에서 활성화되어 있다. 따라서 암세포의 telomerase의 기능을 억제하거나 암세포의 telomere DNA를 제거함으로써 암세포의 분열을 막을 수 있다. TERT (Telomerase Reverse Transcriptase) Gene : 단백질 코딩 유전자로, telomerase 효소를 인코딩한다. 따라서 암세포의 증식을 막기 위해 TERT gene promoter 발현을 억제(?) 해야한다. Glioma(교모세포종)의 경우, IDH 유전자 돌연변이와 상관없이 TERT 돌연변이가 있는 경우 예후가 불량하다.

 지난 글에서 2X2 분할표에서 많이 사용되는 오즈비와 상대위험도의 개념에 대해서 살펴보았다. 그 중에서도 지난 글에서는 오즈비를 사용할 수밖에 없는 경우에 대해 살펴보았다.  상대위험도가 직관적으로 이해하기 쉽고 위험비에 대한 쉬운 해석을 가능하게 하지만, 그럼에도 불구하고 보건 or 의학 계열에서 오즈비를 많이 사용 할 수밖에 없는 이유에 대해 살펴보았다. 또한 오즈비와 상대위험도는 가끔 동일하게 해석되기도 한다. (자세한 내용은 이전 글로..) 그럼 이번 글에서는 오즈비와 상대위험도를 동일하게 해석할 수 있는 경우 에 대해 살펴보도록 하겠다. 먼저 다음과 같은 오즈비의 특성을 이해해야 한다. 오즈비의 중요 특성: 상대적인 위험도를 과장하는 측면 이 있다. 이는 굉장히 중요한 오즈비의 특성인데, Relative Risk 값보다 항상 큰 값을 가진다. 그리고 이는 해당 Event가 흔하게 일어날 수록 더욱 더 과장 된다. 📋예를 들어 보자. 따듯한 차를 마셨을 때와 방안 온도의 차를 마셨을 때 체온이 상승하는지 아니면 그대로 유지되는지에 대해 조사하고 다음과 같은 분할표를 얻었다.   체온 상승 유지 Total Warm tea 90 10 100 Normal temp 20 180 200 먼저 Relative Risk 상대위험도 를 구해보자. $$ \frac{90/100}{20/200} = 9 $$ 이번엔 Odds Ratio 오즈비 를 구해보자. (유도과정은 이전 글 참고) $$ \frac{90 * 180}{20 * 10} = 81 $$ 이번엔 방금 구한 상대위험도와 오즈비를 해석해보자. 📉 RR : 상대위험도는 9로, 이는 따듯한 차를 마신다면 체온이 상승할 확률이 방안 온도의 차를 마셨을 때보다 체온이 상승할 확률...

  Odds Ratio 는 임상에서 매우 많이 사용되는 개념이다. 그러나 'Odds' 라는 개념이 직관적으로 잘 와닿지 않기 때문에 흔히 오용되기도 하는 개념이라 가장 먼저 잡고가야 할 주제로 삼았다.   오즈비는 범주형 자료에서 사용되는데, 오즈비를 보면서 가장 많이 접하게 될  2X2 분할표는 다음과 같이 생겼다.   Event Normal Total Exposed A B A + B Non-exposed C D C + D 흔히 하는 실수가 오즈비(Odds Ratio)를 해석할 때, 상대위험도(Relative risk)를 해석하듯이 한다는 점이다. 따라서 오즈비와 상대위험도의 각 개념에 대해서 살펴보고 넘어가도록 하자.   ❗Odds Ratio와 Relative Risk의 공통점 : 상대적인 비율 을 나타낸다. Public health / Medical 에서 Odds Ratio or Relative Risk를 사용하는 이유 - 어떤 조건에서 더 위험한지를 수치적으로 나타내기 위해서 사용 한다. 예를 들면, "흡연(조건)"을 하는 사람은 비흡연자에 비해 "폐암(Event)" 발생에 있어서 몇 배가 더 위험한가? 와 같은 질문에 대한 해답으로 많이 사용된다.   ✅위와 같은 2X2 이차원 분할표에서 Odds Ratio (오즈비) 의 수식적 정의 는 다음과 같다. P1 = A/(A+B) ; P2 = C/(C+D) Odds1 = P1/(1-P1) ; Odds2 = P2/(1-P2) Odds Ratio = Odds1/Odds2 = A*D/B*C ✅ 한편 2X2 분할표에서 Relative Risk (상대위험도) 의 수식적 정의 는 ...