Bioinformatics with Park-Kleis 기본 콘텐츠로 건너뛰기

9월, 2022의 게시물 표시

까먹기방지용 1: Windows Powershell 로 여러 파일 이름 한번에 바꾸기

 Linux를 사용하다보면 많이 사용하는 커맨드 중에 mv, rename 과 같이 파일 이름을 바꾸는 커맨드가 있다. 여기에 익숙해지면 윈도우를 사용할 때 클릭을 조금이라도 덜어주는 Linux의 커맨드가 그리워진다.   특히 규칙이 있는 파일의 이름을 한 번에 바꿀 때 Linux의 커맨드가 더욱 더 그리워진다. 위와 같이 끝이 "aa1" 로 끝나는 파일들이 있다. "aa1"을 "bb1"로 바꾸고자 할 때 Linux에서는  rename -aa1 -bb1 *.txt 위 명령어로 간단하게 바꿀 수 있다. windows에서도 파일의 개수가 위 처럼 4개 정도면 F2 키를 눌러 금방 파일의 이름을 바꿀 수 있지만, 파일의 개수가 1,000개 정도 된다면.. 뭐 가능은 하지만 손목이 아플 것이다. 이럴 때 windows에서도 커맨드를 이용해 파일 이름들을 바꿀 수 있다. 정말 정말 간단하니 아래와 같이 따라하면 된다. 1. 네모가 네 개 있는 윈도우 버튼을 눌러 " powershell "을 검색한다. 2. cd 명령어로 이름을 바꿀 파일들이 있는 위치로 이동한다.   바꿀 파일들이 "E:\공부\power" 에 있으므로,    cd E:\공부\power 를 입력하여 경로로 가면 된다. 3. ls 명령어로 파일들을 확인한다. 4.  dir | rename-item -NewName {$_.name -replace ' 바꾸기전 ', ' 바꿀이름 '} 의 형태로 명령어를 작성한다.   내가 바꾸고 싶은 부분은 aa1을 bb1로 바꾸는 것이므로, dir | rename-item -NewName {$_.name -replace ' aa1 ', ' bb1 '}  를 입력한다. 5. 다시 ls 명령어로 파일 이름들이 잘 바뀌었는지 확인한다. 잘 바뀌었음을 확인할 수 있다. 끝!

ANCOVA : 개념과 활용, 오용 (1)

 ANCOVA 는 Analysis of Covariance 의 abbreviation 으로 "ANOVA + Linear regression" 을 합친 개념이라고들 많이 배운다.  이번 주제로 ANCOVA를 정한 이유는 ANCOVA가 medical research에서 너무나도 광범위하게 misuse 되고 있기 때문이다. 이러한 사례를 모은 관련 논문들도 아주 많이 나왔지만 아직도 medical research 분야에서 잘못 사용되고 있는 경우가 매우 많다. 가장 많은 오류 중 한 가지는 confounding variable 일 수 있는 age와 같은 변수들이 교란변수임에도 단지 "보정 (control)"을 목적으로 적절한 변환이나 고려 없이 마구잡이(?)식으로 투입된다는 점이 있다. Miller & Chapman (2001) 의 "Misunderstanding Analysis of Covariance" 논문에는 다음과 같은 문장이 있다. ANCOVA was developed to improve the power of the test of the independent variable, not to " control " for anything. 많은 medical research에서 ANCOVA를 '보정 control' 을 목적으로 사용하는데, Miller & Chapman이 논문에서 언급했듯이, ANCOVA는 사실 어떤 변수를 보정하기 위한 목적으로 만들어진 것이 아니라 독립변수의 검정력을 향상시키고자 발전했다고 할 수 있다. 그럼 ANCOVA를 어떤 식으로 이해하면 좋을까? 이에 대해서 Miller & Chapman은 다음과 같이 저술하였다. It is helpful here to place ANOVA and ANCOVA in the more general framework of multiple regression and correlation, under...